遇到学习机构以合同协议为由拒绝退费的情况，你可以参考以下步骤来处理：

    确认合同条款的合法性

    查看格式条款 ：很多学习机构的合同属于格式合同。根据法律规定，如果格式条款中不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利，该条款无效。比如合同中写“无论何种情况，学费一概不退”，这种条款就可能因排除了消费者的主要权利而被认定无效。

    审查是否存在欺诈或重大误解 ：如果在签订合同过程中，机构存在欺诈行为，比如虚假宣传课程效果、师资力量等，导致你在违背真实意思的情况下订立合同，你有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。另外，若存在重大误解，比如你对课程内容、收费标准等存在误解而签订合同，也可以主张撤销。

    与学习机构协商

    理性沟通 ：以平和的态度与机构相关负责人沟通，说明你的退费原因，如自身身体原因无法继续学习、工作变动导致没时间上课等，并要求按照合理的比例退还剩余学费。

    指出合同问题 ：若你发现合同条款存在上述不合法的情况，可以向机构指出，要求其重新审视退费事宜。同时，强调自己作为消费者的合法权益应得到保障。

    向相关部门投诉

    教育部门 ：如果是教育培训类机构，你可以向当地的教育主管部门投诉，他们有职责对教育培训机构的经营活动进行监管。你需要准备好相关材料，如合同、缴费凭证、沟通记录等，详细说明情况。

    市场监管部门 ：市场监管部门负责维护市场秩序，对于机构的商业行为进行监督。若你认为机构存在虚假宣传、霸王条款等问题，可以向其投诉，请求介入调查处理。

    寻求法律途径

    申请仲裁 ：如果合同中约定了仲裁条款，你可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对简便、快捷，而且仲裁裁决具有法律效力。在申请仲裁时，要准备好充分的证据，如合同、缴费发票、上课记录、与机构沟通的聊天记录或录音等，以证明你的主张。

    提起诉讼 ：若合同中没有仲裁条款，你可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。诉讼需要耗费一定的时间和精力，但通过法院的审理和判决，能够更有效地维护你的合法权益。在诉讼过程中，要积极配合法院的工作，按时参加庭审，提供相关证据，陈述自己的诉求和理由。

   总之，你要积极维护自己的合法权益，但在处理过程中要注意收集和保留相关证据，以便在需要时能够有力地支持自己的主张。