司法协商分期付款后，通常情况下案件会结案，但具体要分不同情形来看：

    民事诉讼

    一般会结案的情况

    - 在法院主持下达成了分期付款的调解协议，双方当事人按照协议约定履行义务。例如，在债务纠纷案件中，被告承诺分三期偿还原告欠款，并且在约定期限内按时足额支付每一期款项。这种情况下，原告的诉求得到了满足，法院一般会以调解结案的方式处理该案件，案件状态会显示为已结。

    - 双方自行协商达成分期付款协议，并将协议内容告知法院，原告向法院申请撤诉。经法院审查，该撤诉申请不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，法院会裁定准许撤诉，案件也会因此结案。

    可能不会立即结案的情况

    - 如果达成了分期付款协议，但在履行过程中，付款方没有按照协议约定按时足额支付款项，出现违约情形。比如，原本约定每月 15 日支付一定金额，付款方连续两个月未按时支付。此时，收款方可以向法院申请恢复执行原生效法律文书或者要求对方承担违约责任，案件就不会因为达成协议而真正结案，而是会继续处于司法程序中。

    刑事附带民事诉讼

    会结案的情况

    - 刑事部分经过审理，被告人被定罪量刑，附带民事部分双方就赔偿达成了分期付款协议，且被告人按照协议履行赔偿义务。例如，在故意伤害案件中，被告人造成被害人身体损伤，双方就民事赔偿达成了分两年付清赔偿款的协议，被告人依约履行。这种情况下，刑事附带民事诉讼案件会正常结案。

    不会结案的情况

    - 若刑事部分尚未审结，即便附带民事部分达成了分期付款协议，整个案件也不会结案，因为刑事诉讼程序仍在进行中。另外，即使刑事部分已经审结，但被告人在履行附带民事赔偿的分期付款协议时违约，被害人可以通过司法途径要求被告人继续履行，案件也会重新进入执行或审理程序，不会结案。