司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定的内容履行了相关义务，那么通常案件会结案。例如在借贷纠纷中，债权人与债务人在法院主持下达成调解协议，约定债务人分若干期偿还欠款。当债务人按照协议如期足额完成各期还款义务后，意味着双方的债权债务关系得到妥善解决，法院会根据情况作出结案处理，可能会以调解结案的方式在系统中记录该案件终结。

    不一定立即结案

   如果达成了分期付款协议，但债务人没有按照协议履行还款义务，那么案件通常不会结案。债权人可以依据该协议向法院申请强制执行。比如债务人在支付了几期款项后，突然停止支付，债权人有权向法院申请恢复执行程序，要求法院采取查封、扣押、冻结等强制执行措施来保障其权益，此时案件会继续处于司法程序中，直至债务人完全履行义务或者通过其他合法方式解决纠纷。

    刑事案件

   刑事案件达成的和解协议中的分期赔偿等内容，与案件是否结案没有必然的直接联系。

    公诉案件

   在公诉案件中，犯罪行为不仅侵犯了被害人的个人权益，同时也损害了社会公共利益和法律秩序。即便犯罪嫌疑人与被害人达成了分期付款赔偿的协议，且被害人表示谅解，司法机关依然会根据犯罪的事实、性质、情节和对社会的危害程度等依法进行处理。例如故意伤害案件，犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，但检察院仍然会根据证据和法律规定决定是否提起公诉。如果符合起诉条件，案件会继续进行审判程序，而不是因为达成赔偿协议就结案。

    自诉案件

   对于一些自诉案件，如侮辱、诽谤案（严重危害社会秩序和国家利益的除外）等，若自诉人与被告人达成司法协商分期付款赔偿协议，并且自诉人自愿撤回自诉，经法院审查符合撤诉条件的，法院会准许撤诉，案件也就会结案。