司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

   在法院主持下，双方达成司法协商并签订分期付款协议，且该协议得到了有效履行，即债务人按照协议约定的时间和金额按时还款，债权人的债权得到保障，这种情况下通常案件会以执行和解或调解结案。

   比如，在民间借贷纠纷中，法院判决被告偿还原告欠款10万元，被告因经济困难与原告协商，经法院确认后达成了分10个月还清的协议。被告依约每月还款1万元，当10个月还款完毕，该案件就会正常结案。

    可能不结案的情况

    债务人违约 ：如果债务人在分期付款过程中未能按照协议约定履行还款义务，出现逾期还款或者拒绝还款的情况，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时案件不会结案，法院会重新启动执行程序，对债务人采取强制执行措施，如查询、冻结、划拨其银行存款，查封、扣押、拍卖其财产等。

    后续出现争议 ：即便债务人按时还款，但在还款过程中双方对协议条款的理解产生新的争议，例如对还款金额是否包含利息、还款方式是否符合约定等问题存在分歧，且无法自行协商解决，那么案件也可能不会立即结案，当事人可能需要再次通过司法程序解决争议。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    一般情况

   如果刑事案件中的附带民事诉讼部分达成了分期付款赔偿协议，并且犯罪嫌疑人或其家属按照协议积极履行赔偿义务，随着赔偿的逐步完成，附带民事部分通常会结案。但刑事案件本身不会因为民事赔偿的分期履行而结案，刑事案件会按照法定程序进行侦查、起诉和审判。

    特殊情况

   如果犯罪嫌疑人在分期付款过程中故意不履行赔偿义务，被害人可以向法院申请强制执行，这可能会影响对犯罪嫌疑人的量刑。例如，原本犯罪嫌疑人可能符合从轻处罚的条件，但因其不履行附带民事赔偿协议，法院在量刑时可能会考虑该情节，适当从重处罚，并且案件会持续处于执行程序中，直至赔偿问题解决。