司法协商分期付款后，案件通常会结案，但具体情况要根据案件类型和程序来判断。下面分不同情形为你详细介绍：

    民事案件

    诉讼前达成协商

   如果在民事纠纷进入诉讼程序之前，双方当事人自行达成了分期付款的协商方案，并且签订了相关协议，那么只要双方按照协议履行各自的义务，纠纷就得到了解决，案件自然不会进入司法程序，也就不存在司法意义上的“结案”问题。

    诉讼中达成协商

    - 在民事诉讼过程中，如在立案后、判决前，双方当事人在法院的主持下达成分期付款的调解协议，法院会根据协议内容制作民事调解书。民事调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。一旦双方按照调解书的内容履行完毕，案件就会以调解结案的方式处理。

    - 如果一方当事人不履行调解协议约定的分期还款义务，另一方可以向法院申请强制执行。在执行阶段，如果双方又达成执行和解协议，约定分期付款，且被执行人按照和解协议履行完毕，法院会作执行结案处理。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，民事赔偿部分双方可以协商分期付款。如果被告人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议，并按协议履行，刑事部分将根据具体的犯罪事实、证据和法律规定进行判决。民事赔偿部分履行完毕后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事案件本身会依据刑事诉讼程序继续进行直至作出刑事判决。

    其他情况

   刑事案件中涉及的犯罪行为是对社会秩序和公共利益的侵犯，不能通过当事人之间的协商来决定是否结案。刑事责任的追究由国家司法机关主导，即便犯罪嫌疑人对被害人进行了经济赔偿并达成分期付款协议，也不能免除其刑事责任，案件会按照法定程序进行侦查、起诉和审判。

    行政案件

   - 行政相对人与行政机关之间如果就相关赔偿、补偿等问题达成分期付款的协商一致意见，并且按照约定履行完毕，那么基于该争议产生的行政案件通常会以和解等方式结案。不过行政行为的合法性等核心问题如果已经进入司法审查程序，还需要遵循相应的司法裁判结果来最终确定案件是否彻底了结。