司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据案件类型和实际进展来确定，以下为你分情况介绍：

    民事案件

   在民事案件中，如果双方达成司法协商分期付款协议，一般会按照以下情况处理并结案：

    申请执行前协商 ：在法院判决之后，执行程序启动之前，双方当事人自行达成了分期付款的和解协议。这种情况下，通常原告会向法院申请撤诉，在法院裁定准许撤诉后，案件就会以撤诉方式结案。

    执行阶段协商 ：案件进入执行程序后，双方在法院主持下或自行达成了分期付款的执行和解协议。如果被执行人按照协议约定按时、足额履行了分期还款义务，执行法院会作执行结案处理。

    执行完毕结案 ：如果分期还款全部履行完毕，法院会以“执行完毕”方式结案。

    终结执行结案 ：如果申请执行人与被执行人达成和解协议后，申请执行人撤回执行申请，法院会裁定终结执行。

    刑事案件

    - 在刑事案件中，涉及民事赔偿部分可以进行协商分期付款。如果犯罪嫌疑人、被告人积极履行分期付款协议，赔偿被害人损失，取得被害人谅解，在量刑时可以作为从轻情节予以考虑。

    - 但刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，不会因为民事赔偿的协商分期付款而直接结案。只有当法院作出判决，且判决生效并执行完毕后，刑事案件才会真正结案。

    行政案件

    - 行政案件中，如果涉及行政赔偿等可以调解的事项，当事人达成分期付款协议并履行的，原告可以申请撤诉。经法院审查符合撤诉条件的，裁定准许撤诉后案件结案。

    - 如果是行政行为合法性等不可调解的事项，一般不会因为协商分期付款而结案，需要法院对行政行为的合法性进行审理并作出判决后，案件才会终结。