司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议的约定履行了相应的义务，通常案件会结案。

   例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经过法院调解，双方协商一致被告分三个月还清欠款。被告按照协议如期足额支付每一期款项，此时原告的诉求得到满足，法院会以调解结案的方式处理该案件，案件终结。

    可能暂不结案

   如果只是达成了司法协商分期付款的协议，但尚未履行完毕，法院一般不会立即结案。因为案件的最终结果还处于不确定状态，需要监督协议的履行情况。

   比如在买卖合同纠纷中，双方达成被告分六期支付货款的调解协议，在被告支付了第一期款项后，后续几期并未按时支付，这种情况下原告可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，案件仍然处于未了结状态，直至被告全部履行完毕或者通过其他合法方式解决纠纷。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   和民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，就民事赔偿部分达成了分期付款协议，且按照协议履行完毕，附带民事诉讼部分可以结案。

   例如在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方协商被告人分阶段赔偿。当被告人全部赔偿完毕后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事部分会根据犯罪事实、证据等依法进行判决。

    刑事部分

   司法协商分期付款通常不影响刑事案件的处理和结案。刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，目的是惩罚犯罪、维护社会秩序，其处理不以被害人与被告人之间关于赔偿的协商分期付款为依据。只要犯罪事实清楚、证据确实充分，法院会依据刑法对被告人作出判决，判决生效后案件就会结案。