司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况可结案

   在民事案件中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可，通常以调解的方式结案。比如在民间借贷纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还欠款，在法院主持下，双方达成债务人分期还款的调解协议，法院会制作民事调解书。

   当债务人按照调解协议约定的时间和金额按时完成每一期付款义务后，案件就会正常结案。因为此时双方的争议已经通过协商和履行得到解决，法院的审判职能也已实现。

    可能不结案的情况

   如果债务人在分期付款过程中出现违约，没有按照约定的时间和金额还款，那么债权人可以依据调解书向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会因为达成了分期付款协议就结案，而是会进入执行程序，直到债务人履行完全部还款义务或者出现其他法定的结案情形（如债权人撤销申请、执行和解且已履行完毕等）。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分可以进行协商分期付款。如果被告人积极与被害人达成分期付款协议并履行，且刑事部分的审理也已完成，法院作出了相应的刑事判决，那么附带民事诉讼部分会随着赔偿协议的履行完毕而结案。

   例如，在故意伤害案件中，被告人对被害人造成了人身伤害，除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期支付的协议，当被告人按协议支付完毕后，附带民事诉讼部分结案，但刑事部分的判决已经生效，不存在因为民事赔偿的分期付款履行完毕而撤销刑事判决的情况。

    纯刑事案件

   刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人进行追诉，不存在犯罪嫌疑人与公诉机关协商分期付款来结案的情况。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任由法院根据犯罪事实、性质、情节和社会危害程度等依法判决，不会因为经济赔偿的分期支付而改变刑事诉讼程序的进程和结果。不过，犯罪嫌疑人积极赔偿被害人损失并达成谅解等情况，在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑。