司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看，以下为你详细分析：

    一般情况下会结案

    诉讼程序中达成调解协议并履行

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且按照协议内容按时、足额履行了付款义务，那么案件通常会以调解结案。法院会制作调解书，调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，此时案件终结。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院的调解下，双方达成协议，乙分三期偿还借款，乙按照协议在规定时间内还清了全部款项，法院会终结该案件的审理程序。

    执行程序中达成和解协议并履行

   在执行程序中，申请执行人和被执行人达成了分期付款的和解协议，被执行人按照协议履行完毕后，人民法院会裁定终结执行程序，案件也就此结案。比如，丙申请执行丁的财产以偿还债务，在执行过程中，双方协商丁分阶段付款，丁完成全部付款义务后，执行法院会作结案处理。

    特殊情况下可能不会立即结案

    未完全履行协议

   如果在司法协商分期付款后，债务人没有按照约定的时间、金额履行付款义务，那么案件不会结案。在诉讼调解的情况下，债权人可以要求法院按照原生效法律文书进行执行；在执行和解的情况下，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书。

   例如，上述案例中乙只支付了第一期款项，之后就不再支付，甲可以向法院申请强制执行剩余款项，案件会重新进入执行程序。

    出现新的争议

   即使债务人按照分期付款协议履行了付款义务，但如果双方就协议履行过程中的其他事项产生了新的争议，如对已付款项的性质、协议条款的理解等存在分歧，并且无法协商解决，当事人可能会再次提起诉讼，此时原案件虽然表面上涉及的付款问题解决了，但新的纠纷又引发了新的诉讼程序，从广义上来说案件并没有真正“了结”。