司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

    - 在民事纠纷中，如果双方通过司法程序达成了分期付款的协商方案，并且该方案得到了法院的认可（比如形成了民事调解书）。当债务人按照协议约定按时、足额履行了分期付款的义务后，案件通常会结案。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院主持下双方达成调解协议，乙分10期每月偿还1万元。乙依约履行完毕全部还款义务后，法院会终结该案件的执行程序，案件正式结案。

    可能不结案

    - 如果债务人没有按照协商好的分期付款方案履行义务，出现逾期还款等违约行为，那么债权人有权依据相关协议或法律规定，要求法院恢复执行程序。这种情况下，案件就不会结案。

    - 比如上述案例中，乙偿还了3期后就不再还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的7万元欠款，此时案件会继续处于执行状态。

    刑事案件

    刑事部分通常不适用协商分期付款结案

    - 刑事案件是国家公权力对犯罪行为的追诉，犯罪嫌疑人承担的刑事责任主要包括刑罚处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。刑事责任的承担具有强制性和不可协商性，不会因为犯罪嫌疑人与被害人达成分期付款的赔偿协议而直接导致刑事案件结案。

    - 例如，张三因故意伤害罪被检察机关提起公诉，即使张三与被害人李四达成了民事赔偿的分期付款协议，检察机关仍会继续对张三的犯罪行为进行追诉，法院会依据法律和犯罪事实对张三作出刑事判决。

    民事赔偿部分可能影响量刑但不决定结案

    - 在刑事案件中，如果涉及附带民事诉讼，犯罪嫌疑人或其家属与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，并且按约定履行，在量刑时法院可能会将此作为从轻处罚的情节予以考虑。但这并不影响刑事案件本身的进程，只有在刑事审判程序全部完成，判决生效并执行完毕后，刑事案件才会结案。

   总体而言，司法协商分期付款后案件是否结案要依据案件性质以及当事人是否履行协议等多方面因素来判断。