司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    一般会结案的情况

    民事诉讼

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成了司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案经过法院的确认，比如制作成了调解书。当债务人按照调解书约定的分期还款计划按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，经法院调解双方达成协议，乙分三期在一年内还清欠款，乙依约履行完毕，法院就会终结此案。

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，若民事赔偿部分通过协商达成分期付款协议，被告人按协议履行赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。而刑事案件本身会根据刑事诉讼程序的进展，依据法律规定作出相应判决，判决生效后整个刑事诉讼案件也会结案。

    可能不会立即结案的情况

    未完全履行协议

   如果在司法协商分期付款过程中，债务人没有按照约定的时间、金额履行还款义务，那么债权人有权依据相关法律文书向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，法院会继续按照执行程序对债务人采取相应的执行措施，比如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

   例如，在上述甲起诉乙的案件中，乙只支付了第一期款项，之后就不再履行，甲可以向法院申请恢复执行剩余款项，案件会继续处于执行状态。

    存在后续问题或争议

   即使债务人按照分期付款协议履行了还款义务，但如果案件还存在其他未解决的问题或潜在争议，案件也可能不会完全结案。比如在一些涉及知识产权侵权的案件中，除了赔偿损失的分期付款外，还可能涉及到停止侵权行为等其他事项，如果这些事项没有得到妥善解决，案件可能不会彻底了结。