司法协商分期付款后，案件通常会以不同的方式处理，并不一定会直接结案，以下分情况为你说明：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，当双方通过司法程序达成协商分期付款的协议后，如果该协议是在法院主持下达成的，并且以调解书的形式予以确认，那么当债务人按照调解书约定的分期还款计划按时、足额履行还款义务后，案件通常会作结案处理。法院会将案件归档，标志着整个诉讼程序结束。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分 10 期偿还，每期 1 万元。乙按照协议如期偿还完所有款项后，法院会结案。

    可能不结案

    未按约定履行 ：如果债务人在分期还款过程中出现违约，未按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据协议或相关法律规定，向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时案件不会结案，而是重新进入执行程序。

    后续衍生问题 ：即使债务人完成了分期还款，但如果还款涉及的纠纷存在后续衍生问题，如产品质量纠纷中，虽然支付了赔偿款，但产品质量隐患未消除，可能引发新的诉讼或纠纷处理程序，原案件可能从严格意义上不能算完全结案。

    刑事案件

    刑事附带民事部分可能结案

   在刑事案件中，如果存在刑事附带民事诉讼，双方就民事赔偿部分达成协商分期付款协议，当被告人按照协议履行完赔偿义务后，刑事附带民事部分可以结案。但刑事案件本身的刑事诉讼程序不受此影响，依然会按照法律规定对被告人的刑事责任进行审理和判决。

   例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议，赔偿完毕后，附带民事诉讼部分结束，但刑事审判会继续进行，以确定被告人是否构成犯罪以及应承担的刑事责任。

    刑事部分不会因赔偿分期而结案

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，目的是维护社会秩序和公共利益，追究犯罪人的刑事责任。犯罪嫌疑人或被告人与被害人之间就民事赔偿达成的分期付款协议，只是对民事部分的处理，不能替代刑事处罚。因此，刑事案件不会因为民事赔偿的分期协商而结案，必须经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，直至作出最终的刑事判决。