司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    会结案的情况

    双方履行完毕 ：在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人严格按照协议约定的时间和金额按时足额履行付款义务，债权人的债权得到完全实现，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。例如，在民间借贷纠纷中，法院主持双方达成了分期还款协议，债务人按照协议分三次还清了全部借款本息，此时法院会将该案件作结案处理。

    债权人申请结案 ：即使分期付款尚未全部履行完毕，但债权人基于自身意愿，比如考虑到与债务人的关系等因素，向法院明确表示放弃剩余债权并申请结案，经法院审查符合规定的，案件也会结案。

    不会结案的情况

    尚未履行完毕 ：若债务人未按照分期付款协议的约定履行义务，出现逾期支付或者未足额支付等违约情形，案件不会结案。此时，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，要求债务人一次性偿还全部债务，法院会继续对该案件进行处理。例如，在买卖合同纠纷中，双方协商好分五期付款，但债务人第二期就未按时支付，债权人有权要求法院采取措施让债务人偿还剩余全部欠款。

    存在后续争议 ：如果在分期付款过程中，双方就协议的履行方式、履行时间等条款产生新的争议，并且无法自行协商解决，需要法院进一步审理和裁决，那么案件也不会结案。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    会结案的情况

    - 当犯罪嫌疑人或被告人与被害人就附带民事赔偿达成分期付款协议，并且按照协议全部履行完毕赔偿义务后，附带民事部分会结案。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人达成了分期赔偿医疗费、误工费等损失的协议，全部赔偿款支付到位后，附带民事赔偿部分的案件就会终结。

    不会结案的情况

    - 若被告人未按协议履行附带民事赔偿的分期付款义务，被害人可以通过法院要求被告人继续履行，在未履行完毕之前，案件不会结案。而且这种不履行赔偿义务的行为可能还会影响对被告人的量刑考量。