司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下从不同的司法程序为你分析：

    民事诉讼程序

    通常情况

   在民事诉讼中，如果双方达成司法协商分期付款协议，并且按照协议履行完毕，案件一般会结案。例如，在债务纠纷案件中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议。当被告按照协议约定的时间和金额，全部还清欠款后，法院会根据具体情况作出结案处理，可能会以执行完毕、调解履行完毕等方式结案。

    特殊情况

   若在司法协商分期付款过程中，债务人出现违约，未按照协议约定的期限和金额还款，那么债权人有权依据相关法律规定和协议约定，向法院申请恢复执行或者要求对方承担违约责任等。这种情况下，案件不会结案，而是会继续按照法律程序进行处理。例如，原本约定每月还款5000元，债务人连续三个月未按时还款，债权人就可以向法院申请恢复对原生效法律文书的执行。

    刑事附带民事诉讼程序

    积极履行赔偿

   在刑事附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，并且被告人积极履行该协议，赔偿被害人的损失，在刑事责任部分如果符合一定条件（如犯罪情节较轻、有悔罪表现等），可能会对被告人的量刑产生积极影响。当民事赔偿部分履行完毕后，民事部分的案件会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人达成了分期赔偿医疗费、误工费等损失的协议，全部赔偿到位后，附带民事诉讼部分就会结案。

    未履行赔偿

   如果被告人在分期付款过程中不履行协议，被害人可以通过法律途径要求其继续履行。同时，被告人的这种不履行行为可能会影响其在量刑时的从轻情节考量。而且在这种情况下，附带民事诉讼部分不会结案，法院可能会采取强制措施促使被告人履行赔偿义务。

    执行程序

    达成和解分期履行

   在执行程序中，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。如果被执行人严格按照和解协议履行完毕，法院会裁定终结执行，案件结案。例如，法院判决某公司支付员工工资，进入执行程序后，双方达成和解，公司分期支付工资，公司按约支付完毕后，执行案件结案。

    未按和解协议履行

   若被执行人不履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书。此时，执行案件不会结案，而是继续进行执行程序，法院可以采取查询、冻结、划拨被执行人的财产等执行措施。