旷工三天自动离职是否合法需要分情况来看：

    合法的情况

    有明确规章制度且程序合法

   如果用人单位有明确的规章制度，其中规定了旷工三天属于严重违反用人单位的规章制度，且该规章制度是通过合法程序制定的。

   根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

   在这种情况下，当劳动者旷工三天时，用人单位以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同，属于合法解除。

    符合法律规定和合同约定

   如果劳动合同中明确约定旷工三天自动离职，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时用人单位依据该约定解除劳动合同，也具有一定的合法性。

    不合法的情况

    规章制度不合法

   若用人单位的规章制度没有经过民主程序制定，或者没有向劳动者公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。即使劳动者旷工三天，用人单位依据这样的规章制度解除劳动合同，就可能被认定为违法解除。

    缺乏合理性

   如果旷工三天就自动离职的规定明显不合理，例如该工作岗位旷工三天并不会对用人单位的正常运营造成重大影响，或者劳动者有合理的旷工理由（如突发重大疾病、遭遇不可抗力等未能及时请假），用人单位仍然按照此规定解除劳动合同，也可能被认定为不合法。

    违反法律强制性规定

   若该规定违反了《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，比如排除了劳动者的合法权益等，那么该规定也是无效的，用人单位以此解除劳动合同不合法。

   如果用人单位违法解除劳动合同，劳动者可以根据《劳动合同法》的相关规定，要求用人单位继续履行劳动合同，或者要求用人单位支付赔偿金。