非婚生子有出生证明但上男方户口仍被要求做亲子鉴定，主要有以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

   1. 杜绝虚假出生证明

   在现实中，存在一些人通过非法手段获取虚假出生证明的情况。比如，有人为了让孩子获得更好的教育资源、落户在某个特定地区等目的，购买或伪造出生证明。要求进行亲子鉴定可以有效核实孩子与男方之间的生物学亲子关系，防止利用虚假出生证明违规落户，维护户籍管理的准确性和严肃性。

   2. 避免冒名顶替

   可能存在他人冒名顶替孩子亲生父亲身份的情况。例如，出于某些利益考量，男方可能并非孩子真正的生物学父亲，却想通过提供出生证明将孩子户口落在自己名下。亲子鉴定能够从科学角度准确判断亲子关系，避免这种冒名顶替的现象发生，保障户籍信息的真实性。

    法律和政策规定

   1. 明确亲子关系的法定程序

   在非婚生育的情况下，仅依靠出生证明不能完全确定孩子与男方的亲子关系。因为出生证明上登记的父亲信息可能存在不准确的情况，比如母亲在填写时误填、为了孩子落户随意填写等。而亲子鉴定是目前法律认可的能够准确认定亲子关系的科学方法。根据相关户籍管理政策和法律规定，为了确保户籍登记的合法性和准确性，需要通过亲子鉴定来明确亲子关系。

   2. 保障各方权益

   对于男方来说，亲子鉴定可以确保他对孩子的抚养义务和相关权益的明确。如果男方不确定孩子是否为自己亲生，通过亲子鉴定可以避免在不知情的情况下承担不必要的抚养责任。同时，对于孩子而言，准确的亲子关系认定有助于保障其合法权益，如继承权、获得抚养和教育的权利等。

    社会管理和公共服务需要

   1. 保障公共资源合理分配

   准确的户籍信息是合理分配公共资源的基础。例如，教育资源、社会保障福利等都是根据户籍信息进行分配的。如果存在虚假的户籍登记，可能会导致公共资源的不合理分配，损害其他公民的合法权益。通过亲子鉴定确保非婚生子与男方的亲子关系真实准确，能够保障公共资源按照实际情况进行合理分配。

   2. 维护社会秩序和稳定

   准确的户籍管理有助于维护社会秩序和稳定。清晰的亲子关系和户籍信息可以避免因身份不明、亲子关系纠纷等问题引发的一系列社会矛盾和问题。例如，避免因财产继承纠纷、抚养权纠纷等问题影响社会的和谐稳定。亲子鉴定作为一种科学的确认手段，可以有效减少这些潜在的社会问题。