这种扣一半底薪的做法通常是不合法的。以下从不同角度为你分析：

    法律依据

   《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。也就是说，劳动者享有法定的辞职权，只要按照法定程序提前通知用人单位，就可以解除劳动合同。

   同时，该法第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。劳动者提供了劳动，用人单位就有义务支付相应的工资，不得随意克扣。

    “扣一半底薪”是否合理

   合同中约定干满3个月，如果没干满就扣一半底薪，这种约定可能因违反法律强制性规定而无效。法律明确禁止用人单位以不合理的理由克扣劳动者工资。除非劳动者的离职给用人单位造成了实际的经济损失，且用人单位能够举证证明该损失的存在及具体数额，才可以要求劳动者进行赔偿，但赔偿也应遵循合理的原则，从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

    解决办法

    与单位协商 ：你可以先尝试与用人单位进行沟通，说明法律规定，要求其按照实际工作天数足额支付工资。

    向劳动监察部门投诉 ：如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，对于违法行为会责令其改正。

    申请劳动仲裁 ：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在仲裁过程中，你需要提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，证明你与用人单位存在劳动关系以及你的工资标准和工作时间等情况。