女方明确拒绝后男方不停止性行为，有可能构成强奸罪。强奸罪的核心在于违背妇女意志，具体分析如下：
一、违背妇女意志是强奸罪的核心特征

1. 明确拒绝的情形：若女方在性行为过程中，以清晰、明确的语言表达不愿意继续（如喊出“不要”“不行”等），而男方仍强行继续，此行为通常被认定为违背妇女意志，构成强奸罪。
2. 行为暗示拒绝的情形：若女方未直接用语言拒绝，但通过剧烈挣扎、推搡、试图逃离等行为明显表现出不愿意，男方仍执意继续，同样构成违背妇女意志，可能被认定为强奸罪。
   二、特殊场景下的综合判断
3. 双方关系的影响：若双方存在暧昧或亲密关系，且女方一开始表示愿意，但过程中态度转变，判断是否构成强奸需综合双方平时关系、性行为发生的具体情境、女方拒绝时的表现以及男方是否有合理理由认为女方是真实意愿等因素。若男方无视女方意愿强行继续，仍可能构成强奸罪。
4. 误解或沟通不畅的情形：若因误解或沟通不畅导致男方误以为女方愿意继续，需根据具体证据和情况判断男方是否存在主观故意。若男方确实因误解而继续，且在发现女方真实意愿后立即停止，一般不构成强奸；若男方故意忽视女方意愿或存在侥幸心理继续实施性行为，则可能构成强奸罪。