面对供应商恶意中标，甲方可采取以下措施应对：
一、及时提出异议与投诉

1. 提出异议：在发现供应商存在恶意中标行为，如串通投标、弄虚作假等，甲方应立即向招标人或招标代理机构提出书面异议，并附上详细证据材料，如异常低价分析、投标文件对比等，以揭示其恶意行为。
2. 提出投诉：若异议未得到妥善处理，或恶意中标行为已影响中标结果，甲方可在公示期间内向行政监督部门提出投诉，要求调查并处理该行为。投诉时需提供详细的投诉书和证据材料，确保投诉内容真实、合理。
   二、要求重新招标或处理中标结果
3. 要求重新招标：经调查确认存在严重影响招标公正性的恶意中标行为时，甲方有权要求招标人重新组织招标，以确保项目通过公平竞争选择合适的中标人。
4. 处理中标结果：若恶意中标行为已导致中标结果无效，甲方应配合招标人或行政监督部门，按照相关规定处理中标结果，如取消中标资格、重新确定中标人等。
   三、追究法律责任与加强防范
5. 追究民事责任：对于因恶意中标行为导致的经济损失，甲方可通过民事诉讼方式要求侵权人承担赔偿责任，包括投标费用、预期利益损失等。
6. 追究行政与刑事责任：对于严重的恶意中标行为，如串通投标、行贿等，甲方应积极协助有关部门进行调查，追究相关责任人的行政责任甚至刑事责任。
7. 加强防范与信用管理：甲方应提高招标文件编制质量，设置合理的评标标准和方法；同时，建立健全投标人信用评价体系，对恶意中标行为进行记录和公示，形成有效的市场约束和惩戒机制。