工程项目经理有个体工商户身份，并不直接导致废标。是否废标需综合考量以下因素：
一、招标文件的具体规定

1. 明确限制情形：若招标文件明确规定项目经理不得同时拥有个体工商户身份或从事其他商业活动，且该规定与项目执行存在实质性冲突（如影响工期、质量或存在利益冲突），则项目经理的个体工商户身份可能构成废标理由。
2. 无明确限制情形：若招标文件未对项目经理的个体工商户身份作出限制，则该身份本身不构成废标依据。但需进一步评估其是否影响项目履约能力。
   二、法律法规的适用性
3. 《中华人民共和国招标投标法》：该法未直接规定项目经理的个体工商户身份与废标的关系，但强调招标活动应遵循公平、公正原则。若项目经理的个体工商户身份未违反法律强制性规定（如未利用个体工商户身份进行不正当竞争），则不构成废标事由。
4. 地方性法规或行业规范：部分地区或行业可能对项目经理的兼职、商业活动等作出额外限制。若项目经理的个体工商户身份违反此类规定，可能引发废标。
   三、项目履约能力的实质性影响
5. 利益冲突评估：若项目经理的个体工商户业务与招标项目存在利益冲突（如同时承接竞争性项目），可能损害招标人利益，此时招标人有权要求更换项目经理或废标。
6. 资源投入保障：若个体工商户身份导致项目经理无法全身心投入项目（如时间、精力分配不足），影响项目进度或质量，招标人可依据合同条款主张废标。