超市出具谅解书后，法院仍可能立案，谅解书主要作为量刑时的参考情节。以下是对此问题的详细分析：
一、谅解书的性质与作用
1.谅解书是刑事案件中，受害人与犯罪嫌疑人或其家属就案件结果达成和解后，由被害人一方出具的法律性质的书面文件。
2.它表明被害人对犯罪嫌疑人的行为予以谅解，并希望司法机关对其从轻处罚。但谅解书并不具有阻止立案的法律效力。
二、公诉案件中的立案与谅解书
1.在公诉案件中，犯罪行为不仅侵犯了被害人的个人权益，还损害了社会公共利益和法律秩序。
2.根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，只要有犯罪事实发生，并且满足立案的条件，即使双方已经达成和解或签署了谅解书，公安机关仍然应当进行立案侦查。
3.取得被害方谅解的，可以从轻处罚；但如果没有构成犯罪，则不会立案追诉。
三、谅解书对法院判决的影响
1.谅解书在量刑过程中是一个重要的酌定情节。根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，对于积极赔偿被害人经济损失并取得谅解的，法院可以综合考虑犯罪性质、赔偿数额、赔偿能力以及认罪、悔罪程度等情况，减少基准刑的40%以下。
2.然而，谅解书并非决定性因素，法院在判决时会综合考虑犯罪事实、性质、情节以及对社会的危害程度等多方面因素，以确保判决的公正性和合理性。