工程甲方收取分包方百分之三十的费用是否合理，需根据具体情况判断，关键在于是否符合法律法规、合同约定及管理服务的实质性。
一、合法情形

1. 合同明确约定：若总承包单位与分包单位在合法有效的分包合同中明确约定了管理费的金额、支付方式及管理服务内容，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则甲方收取管理费是合法的。例如，合同中规定甲方为分包工程提供协调、管理、技术支持等服务，并据此收取一定比例的管理费。
2. 提供实质性管理服务：根据《建筑法》等相关法律法规，若甲方实际为分包工程提供了协调、管理、技术支持、现场服务等实质性的管理工作，其收取管理费是合理且合法的。这种费用是对甲方管理成本的一种补偿。
   二、不合法情形
3. 转包或违法分包：若甲方未实际参与工程管理，仅将工程转包并收取“管理费”，或分包给不具备资质的单位，这种行为属于转包或违法分包，所收取的管理费不合法。
4. 以包代管：若甲方名义上进行了工程分包并收取管理费，但实际上未对分包工程进行任何实质性管理，或所提供的管理服务流于形式，这种“以包代管”方式收取的管理费也可能被认定为不合法。
5. 合同不明确或乱收费：若合同中未明确约定管理费的相关条款，或甲方随意收取管理费，这种收费可能不合法。