危化车市区限行的处罚主要包括罚款、扣分、吊销从业资格及刑事责任等，具体依据违规情节和地区规定而定。以下是对此问题的详细分析：
一、基本处罚措施

1. 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》，危化品车违反禁令标志、禁止标线指示的，一般处警告或者二十元以上二百元以下罚款。实际执法中，由于危化品车的特殊性，往往直接处以罚款200元。部分地区对危化品车闯禁行可处以200元到2000元不等的罚款。
2. 扣分：驾驶员因违规被查处，通常会扣分，具体扣分标准因地区而异，有的地方扣1分，有的扣3分。
   二、特定情形下的加重处罚
3. 不听劝阻或造成严重后果：若危化品车辆闯禁行且不听劝阻，或在闯禁行过程中造成严重后果，处罚将更加严厉。某些地区可能处以高达2000元的罚款，并可处以15天以下拘留。
4. 多次违规：同一驾驶员在一年内因危化品车闯禁行被处罚多次，其驾照可能被扣留，甚至面临吊销从业资格的风险。
5. 刑事责任：若危化品车闯禁行的行为引发重大事故，造成严重后果，危害公共安全，将可能触犯《中华人民共和国刑法》。根据《刑法》第一百三十三条之一的规定，处拘役，并处罚金。若机动车所有人、管理人对该行为负有直接责任，也将依法受到处罚。
   三、其他法律后果
   交通运输管理部门有权吊销危化品运输驾驶员的从业资格证，导致其在规定时间内不能继续从事危化品运输相关工作。