贷款合作投入建设工程是否合法，需结合具体情况与相关法律法规综合判断，但一般情况下，若符合法定条件与程序，该行为是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、在建工程抵押贷款的合法性

根据《城市房地产抵押管理办法（2021年修订本）》第三条的规定，在建工程抵押是指抵押人为取得在建工程继续建造资金的贷款，以其合法方式取得的土地使用权连同在建工程的投入资产，以不转移占有的方式抵押给贷款银行作为偿还贷款履行担保的行为。

1. 主体资格合法：
   • 抵押人需为对在建工程拥有合法权益的主体，通常是房地产开发企业，且需具备合法的土地使用权及建设许可。
   • 抵押权人一般为依法成立的金融机构，如银行，需具备发放贷款的资质和经营范围。
2. 项目合法性与进度要求：
   • 在建工程需具备完整的建设审批手续，包括但不限于建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等。
   • 通常要求在建工程的投入开发建设资金达到工程建设总投资的一定比例，以确保项目的实物基础和价值支撑。
3. 抵押登记：
   • 办理合法有效的抵押登记是在建工程抵押贷款生效的关键。抵押双方需共同向房地产管理部门申请办理抵押登记手续，并取得《在建工程抵押登记证明》。

二、合作建房合同的合法性

若贷款合作投入建设工程表现为合作建房的形式，则其合法性需依据合作建房合同的相关规定进行判断。

1. 主体适格：
   • 合同双方必须具有相应的民事权利能力和民事行为能力。企业需依法设立并合法存续，个人则需达到法定成年年龄，具有完全民事行为能力。
2. 意思表示真实：
   • 合作双方就合作建房事宜达成的协议必须是真实自愿的，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。
3. 内容合法：
   • 合同内容不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。建房行为必须符合土地管理、城乡规划等相关法律法规的要求。
4. 形式符合规定：
   • 如果法律法规要求合作建房合同应当采用书面形式等特定形式，那么合同必须符合相应形式要求。

三、工程垫资的合法性

若贷款合作投入建设工程表现为工程垫资的形式，则其合法性需依据工程垫资的相关规定进行判断。

1. 法律认可：
   • 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十五条，当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持。
2. 禁止性规定：
   • 政府投资项目不得由施工单位垫资建设，以防范政府债务风险，确保公共资金的安全和有效使用。
3. 合法性条件：
   • 垫资行为必须基于双方当事人的真实意思表示，并在合同中明确约定。
   • 垫资行为不得违反国家法律法规的强制性规定。
   • 垫资的资金来源必须合法。