境外公司投资境内公司，主体灭失后的承继问题，需根据具体情况，结合公司法及相关司法解释进行分析，一般而言，公司主体灭失后，其权利义务通常由清算后的剩余财产承担者或相关责任主体承继。以下是对此问题的详细分析：

一、公司主体灭失的一般处理原则

根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的法人财产，并以其全部财产对公司的债务承担责任。当公司主体灭失，例如因解散、破产等原因终止时，其权利义务的承继通常遵循以下原则：

1. 清算程序：公司终止前，应依法进行清算，清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并通知或公告债权人。清算组负责处理公司未了结的业务、清缴税款、清理债权债务等。清算结束后，制作清算报告，并报股东会、股东大会或人民法院确认，最终办理公司注销登记。
2. 剩余财产分配：根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司清算后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。这些剩余财产的最终接受者，即为公司权利义务的承继者之一。

二、境外公司投资境内公司主体灭失的特殊考虑

对于境外公司投资境内公司的情况，当境内公司主体灭失时，除遵循一般处理原则外，还需考虑以下特殊因素：

1. 外资企业清算的特别规定：根据我国相关法律法规，外资企业在清算时可能需遵循特定的程序和要求，如向商务部门报告、进行税务清算等。这些特别规定可能影响清算过程和剩余财产的分配。
2. 投资协议或章程的约定：境外公司与境内公司之间的投资协议或公司章程中，可能包含关于公司终止时权利义务承继的特别约定。这些约定在符合法律法规的前提下，具有优先适用的效力。

三、相关责任主体的责任承担

在公司主体灭失的情况下，若存在未清算的债务或未了结的业务，相关责任主体可能需承担相应的责任。这些责任主体包括但不限于：

1. 清算义务人：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十八条至第二十条，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东等清算义务人，若未在法定期限内成立清算组开始清算，或怠于履行义务导致公司财产贬值、流失、毁损或灭失，或恶意处置公司财产给债权人造成损失等，需对公司债务承担相应的赔偿责任。
2. 实际控制人：若公司主体灭失系实际控制人原因造成，如实际控制人指使清算义务人怠于履行义务或恶意处置公司财产等，债权人可主张实际控制人对公司债务承担相应民事责任。

四、境外投资者权益的保护

对于境外投资者而言，在公司主体灭失的情况下，其权益的保护尤为重要。境外投资者可通过以下途径维护自身权益：

1. 参与清算过程：境外投资者作为公司股东或债权人，有权参与清算过程，了解清算进展和剩余财产分配情况。
2. 主张权利：若境外投资者认为清算义务人或实际控制人存在违法行为，导致其权益受损，可依法向人民法院提起诉讼，主张相应的民事责任。
3. 寻求国际合作与协助：在涉及跨境投资的情况下，境外投资者可寻求国际合作与协助，如通过双边投资协定、国际仲裁等方式解决争议。