签订合同主体和实际工作主体不符发生劳动纠纷时，应遵循合同相对性原则，结合实际情况和法律规定处理。以下是一些具体的处理步骤和建议：
一、审查合同约定与实际情况

1. 查看合同约定：首先，检查劳动合同中是否对实际工作主体有特别约定，如允许第三方履行、权利义务可转让等。若存在此类约定且不违反法律强制性规定，则实际工作主体的行为可能有效。
2. 确认实际工作主体：明确实际提供劳动的主体是谁，以及该主体与合同签订主体之间的关系，如是否存在代理、委托或债务转移等情形。
   二、处理纠纷的具体方式
3. 协商一致变更合同：若实际工作得到了合同签订各方的认可，可通过签订补充协议变更合同主体，明确实际工作主体的权利和义务。
4. 依据法律原则确定责任：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条，合同仅对当事人具有法律约束力。若无法协商一致，且实际工作主体未获授权，其行为可能构成无权代理，责任应由实际工作主体承担。若构成表见代理，则合同签订主体可能需承担责任后再向实际工作主体追偿。
5. 申请劳动仲裁或提起诉讼：若协商无果，劳动者可在规定时效内向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，或对仲裁裁决不服时向人民法院提起诉讼，要求合同签订主体或实际工作主体承担相应责任。
   三、预防与应对措施
6. 仔细审查合同条款：在签订劳动合同时，应确保合同主体明确，避免出现签订主体与实际工作主体不符的情况。
7. 加强沟通与协商：在合同履行过程中，如发现不一致情况，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
8. 保留证据：妥善保留所有相关证据，如合同文本、工资单、工作记录、沟通记录等，以备不时之需。