信用卡协商还款二次逾期后，本金计算方式不会因协商或逾期而改变，仍按原始借款金额计算，但逾期会导致额外费用和法律后果。具体分析如下：

1. 本金金额的确定：信用卡协商还款时，本金金额是固定的，即持卡人最初透支的金额。二次逾期不会改变这一本金金额。例如，若原始本金为6万，即使协商后已还2.6万，剩余本金仍为3.4万，而非重新计算为6万。但需注意，若协商方案中涉及本金减免，则以协商后的金额为准。
2. 逾期后的费用增加：二次逾期会导致银行重新计算逾期利息和违约金，这些费用会基于剩余本金（如3.4万）按日计算，利率通常较高。同时，银行可能取消之前的协商优惠，如减免利息或分期手续费，导致持卡人需承担更多费用。
3. 法律后果的加重：二次逾期会进一步损害持卡人信用记录，银行可能加强催收措施，甚至提起诉讼。若法院判决持卡人还款，而持卡人未履行，可能被列入失信被执行人名单，面临高消费限制等法律制裁。