法院判决后对方仅偿还部分款项，剩余款项未还，可采取以下措施维护自身权益：
一、申请强制执行

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十三条，发生法律效力的民事判决，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
2. 申请流程：向作出判决的法院提交强制执行申请书，附上生效判决书、还款记录等证据材料。法院审查立案后，会向被执行人发出执行通知，责令其履行剩余还款义务。
3. 执行措施：若被执行人拒不履行，法院有权采取查封、扣押、冻结、拍卖等强制措施，以实现债权。
   二、要求承担违约责任
4. 违约责任：若债务人未按照法院判决履行全部还款义务，可要求其承担违约责任，包括支付逾期利息、违约金等，以弥补损失。
5. 计算方式：逾期利息和违约金的具体数额，可根据判决书中的约定或相关法律规定进行计算。
   三、调查被执行人财产线索
6. 自行调查：留意被执行人的工作情况、日常生活消费情况，以及名下是否有新购置的大额财产等，以获取财产线索。
7. 申请法院调查：若自行调查困难，可向法院申请调查被执行人的财产线索。法院有权查询被执行人在金融机构的存款、理财产品，以及在房产、车辆管理部门登记的财产信息等。
   四、限制被执行人行为
8. 限制高消费：申请法院对被执行人采取限制高消费措施，限制其乘坐飞机、列车软卧等高消费行为。
9. 列入失信被执行人名单：若被执行人具有履行能力而拒不履行生效法律文书确定的义务，法院可将其列入失信被执行人名单，进行信用惩戒。