签署了协商一致且经济补偿金为零的协议后，仍然可以申请仲裁，但能否胜诉取决于协议的效力及是否存在法定可撤销或无效的情形。以下是对此问题的详细分析：
一、协议合法有效且已履行的情况
- 一般难以胜诉：若经济补偿金为零的协议是在双方自愿、平等、协商一致的基础上签订，内容不违反法律法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫、重大误解等可撤销或无效的情形，同时协议已经得到完全履行，则该协议对双方均具有法律约束力。在此情况下，再申请仲裁要求额外补偿或改变协议约定，通常难以获得支持。
- 实例说明：例如，某公司与员工协商一致，因公司经营状况不佳，双方签订经济补偿金为零的协议，并明确约定了其他离职相关事宜。若员工接受后反悔再申请仲裁，因其协议合法有效且已履行完毕，仲裁机构很可能驳回其请求。
二、协议存在法定可撤销或无效情形的情况
- 可能胜诉：在以下情形下，即使签订了经济补偿金为零的协议，仍可通过仲裁或诉讼主张权利：
- 欺诈：一方故意告知虚假情况或隐瞒真实情况，诱使对方作出错误意思表示。例如，公司隐瞒即将获得大额补贴而与员工签订经济补偿金为零的协议，员工知晓真相后申请仲裁，有可能胜诉。
- 胁迫：一方以损害对方及其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等为要挟，迫使对方违背真实意愿签订协议。如公司以不发工资、不提供离职证明等手段威胁员工，员工解除胁迫后申请仲裁，可能得到支持。
- 重大误解：因对行为性质、对方当事人、标的物等错误认识导致行为后果与意思相悖。如员工误解经济补偿金计算标准而签订协议，后发现实际金额远低于法定标准，申请仲裁要求更正，若能证明存在重大误解，仲裁可能支持。
- 显失公平：一方利用优势或对方没有经验，致使双方权利义务明显违反公平原则。如公司利用员工急需用钱困境签订经济补偿金为零的协议，该协议可能被认定为显失公平，员工申请仲裁有胜诉可能。
- 违反法律法规强制性规定：协议内容违反法律法规强制性规定，如经济补偿金低于法定最低标准、未按规定支付加班工资等，协议可能被认定为无效。员工据此申请仲裁，仲裁机构通常会支持。
三、仲裁与诉讼的途径选择
- 适用场景与法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬、经济补偿等发生的争议适用该法。因此，劳动者与用人单位就经济补偿金协议产生的争议，如计算方式、支付时间等分歧，属于劳动争议范畴，应先申请劳动仲裁。
- 程序要求：劳动者需先向劳动仲裁机构提交申请，并按照规定提交相关证据材料。如对仲裁结果不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 适用场景：对劳动仲裁结果不服，依法向人民法院提起诉讼；经济补偿金协议纠纷不属于劳动争议范畴，例如双方为平等民事主体间的协议纠纷，可直接向法院提起民事诉讼；协议存在欺诈、胁迫、重大误解等法定可撤销情形，或内容违反法律法规强制性规定，劳动者可在法定期间内请求法院撤销协议。
- 注意事项：提起民事诉讼前，需确保已履行必要的前置程序（如劳动仲裁）；诉讼过程中，需充分举证证明自己的主张，以支持诉讼请求。
