签订本金三年后打折结清的协议，需明确以下核心要点，以保障双方权益并避免未来纠纷：
一、协议主体与基本信息

1. 明确双方身份：协议中应详细列出债权人（出借人）和债务人（借款人）的姓名/名称、身份证号码/统一社会信用代码及联系方式，确保身份准确无误。
2. 借款详情回顾：描述原借款的基本信息，包括借款金额、借款日期、借款用途及利息约定（如有），并提及原借款文件的签订情况。
   二、打折结清条款
3. 打折比例与金额：明确约定本金打折的具体比例，以及打折后需结清的金额。例如，若本金为100万元，打折比例为8折，则结清金额为80万元。
4. 还款时间与方式：约定打折后结清的具体时间节点，以及还款方式（如一次性还清或分期偿还）。若选择分期偿还，需明确每期还款的金额和时间。
5. 利息与费用处理：若原借款合同中有利息或其他费用约定，需在协议中明确打折结清后是否继续计算或如何处理这些费用。
   三、协议生效与终止
6. 协议生效条件：明确协议自双方签字（或盖章）之日起生效，并说明协议生效后双方应履行的义务。
7. 债权债务消灭声明：自协议签订之日起，双方基于该笔借款的所有债权债务关系即告终止，不再享有或承担任何相关权利或义务。同时，原借款文件失效。
   四、违约责任与争议解决
8. 违约责任：如一方违反协议约定，应赔偿守约方因此遭受的全部损失，并可约定具体的违约金数额。
9. 争议解决方式：约定双方在履行协议过程中发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。