超市转让后发现合同有损坏利益的情况，可根据不同情形采取相应法律措施。以下是一些具体的分析和建议：

一、合同无效的情形

1. 欺诈、胁迫：若一方以欺诈或胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订超市转让合同，且损害国家利益，根据《中华人民共和国民法典》第一百四十八条和第一百五十条，受欺诈方或受胁迫方有权请求法院或仲裁机构撤销合同。若此类行为同时损害国家利益，合同直接无效。例如，转让方虚构盈利数据欺骗受让方签订合同，并导致国家税收损失。
2. 恶意串通：若转让方与第三方恶意串通，损害受让方或第三方利益，根据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条，该合同无效。例如，转让方与第三方勾结抬高价格损害受让方利益。
3. 违反法律强制性规定：若合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，合同无效。例如，特定区域内超市转让需审批而未履行审批程序。
4. 虚假意思表示：若双方以虚假意思表示订立合同，以合法形式掩盖非法目的，根据《中华人民共和国民法典》第一百四十六条，合同无效。例如，表面上是正常超市转让，实际却是为了转移非法所得资金。

二、合同可撤销的情形

若合同存在欺诈、胁迫等情形，但未损害国家利益，受欺诈方或受胁迫方有权请求法院或仲裁机构撤销合同。撤销后，合同自始无效，双方应返还财产或赔偿损失。

三、合同有效但存在违约的情形

若合同本身有效，但一方未履行合同义务或履行不符合约定，构成违约。违约方应承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。