查合作公司银行流水是否合法，需分情况讨论：
一、一般情况下的不合法性

1. 公司独立法人财产权：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司具有独立的法人财产权，享有法人财产权，其银行流水作为公司财务信息的一部分，受到法律保护，不得被随意查阅、复制或泄露。因此，在未经合作公司同意或无法定程序的情况下，私自查询其银行流水，构成对公司财产权的侵犯，是不合法的。
   二、特定情形下的合法性
2. 法定查阅权：若股东作为合作公司的一员，在履行了法定程序（如提出书面请求并说明目的）后，有权要求查阅公司会计账簿，包括银行流水（若作为会计账簿的一部分）。但此权利行使需目的正当，如了解公司财务状况、监督管理层经营行为等。
3. 法律程序要求：当涉及法律纠纷，司法机关因办案需要，依照法定程序向银行发出协助查询通知书等法律文书时，银行会依法配合提供相关信息。在此情况下，基于司法机关的要求获取合作公司银行流水信息是合法的。
4. 合同约定或授权：若双方在合作合同中明确约定了查阅银行流水的条款，或合作公司以书面等明确方式授权查询其银行流水，则查询行为合法。这种授权应基于自愿原则，并确保合作公司的知情权得到保障。