在借条未明确约定利息，且银行流水显示还款为本金，但债权人不认可的情况下，法律将依据相关规定进行判定，通常视为无息借款，借款人已还部分视为偿还本金。
一、基本原则：视为无息借款

1. 法律依据：根据《民法典》第六百八十条，借款合同对支付利息没有约定的，视为没有利息。同时，《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十四条也明确，借贷双方没有约定利息，出借人主张支付利息的，人民法院不予支持。
2. 法律效果：在借条未写明利息的情况下，法律默认该借款为无息借款。因此，若借款人已按银行流水记录偿还部分金额，且该金额未超出借款本金，则应视为对本金的偿还。
   二、债权人主张利息的认定
3. 口头或其他形式约定：尽管借条中未明确写明利息，但如果在实际借贷过程中，双方有口头或其他形式的约定，并且能够提供充分的证据来证明这一约定（如聊天记录、录音、证人证言等），法院可能会根据这些证据来认定利息的存在。但在此案例中，由于债权人未认可银行流水记录的还款为本金，且未提供其他证据证明利息约定，因此法院通常不会支持其利息主张。
4. 逾期还款的利息：即使借条未约定利息，如果债务人逾期还款，出借人可以主张自逾期还款之日起参照当时一年期贷款市场报价利率标准计算的利息作为逾期还款的违约责任。但这一主张需以债务人逾期还款为前提。
   三、银行流水记录的效力
   银行流水记录作为客观证据，能够证明借款人已还款的事实及金额。在债权人未提供相反证据的情况下，法院通常会采纳银行流水记录作为认定还款事实的依据。因此，在此案例中，若银行流水记录显示借款人已偿还部分金额，且该金额未超出借款本金，则法院应认定该部分金额为对本金的偿还。