在建工程评估时，土地价值是否可以扣除需分情况讨论，具体如下：
一、土地增值税清算中的扣除项目
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条，计算增值额的扣除项目主要包括：
- 取得土地使用权所支付的金额：涵盖土地买价、出让金及相关契税等费用。
- 开发土地的成本、费用：包括前期工程费、建筑安装工程费等直接开发成本。
- 新建房及配套设施的成本、费用：若在建工程属于新建房范畴，其评估价值中已包含的土地成本可通过上述项目间接体现，无需单独扣除土地价值。
二、在建工程评估的特殊性
- 评估目的与范围：在建工程评估通常综合考量土地、建筑物及在建部分的整体价值。若评估目的为转让或抵押，需明确评估范围是否包含土地使用权。
- 土地价值的处理：
- 若土地使用权已单独取得并计入开发成本：在评估在建工程时，土地价值已融入整体价值中，无需额外扣除。
- 若土地使用权未单独核算或需单独转让：需根据评估目的，在合规前提下确定土地价值的处理方式，但此情形不涉及“扣除”问题，而是评估价值的构成调整。
三、合规性要求
- 合法有效凭证：无论土地价值是否单独体现，均需提供土地使用权取得凭证、开发成本发票等合法资料。
- 税务机关确认：若涉及评估价格作为扣除项目，需经政府批准的房地产评估机构评定，并由税务机关确认。
