儿子的公司能否承包爸爸所在单位的工程，需从法律框架、独立性考量、关联交易风险及实际操作注意事项等多方面综合分析，在符合条件且合法合规的前提下是可以的。

一、法律框架与基本原则

1. 《中华人民共和国公司法》第十四条：公司可以向其他企业投资，且子公司具有独立的法人资格，依法独立承担民事责任。这为儿子的公司（假设为子公司）承包爸爸所在单位（假设为母公司）的工程提供了基本的法律前提。
2. 公平竞争与招投标法规：在工程承包领域，需遵循公平竞争原则及《中华人民共和国招标投标法》等相关规定，确保所有潜在投标人能在平等条件下参与竞争。

二、独立性考量与资质要求

1. 独立性：儿子的公司作为独立法人，有权参与市场竞争并承接工程项目，只要其具备相应的资质和能力，且符合招标文件的实质性要求，就有权获得中标资格。
2. 资质要求：承接特定工程时，儿子的公司必须满足该项目所要求的资质条件，如工程建设领域的施工资质等级要求。

三、关联交易风险与合规性

1. 关联交易风险：将工程发包给儿子的公司可能构成关联交易，需特别关注交易的公允性和透明度，避免利益输送或其他违法违规行为。
2. 合规性要求：交易行为必须合法合规，遵循相关法律法规及公司内部规定，确保交易的公平、公正、公开。

四、实际操作中的注意事项

1. 确保公平竞争：在招标过程中，应确保所有潜在投标人能在平等条件下参与竞争，避免因关联关系而给予特殊待遇。
2. 严格审查资质和能力：对儿子的公司的资质和能力进行严格审查，确保其能够胜任所承包的工程项目。
3. 加强监管和审计：对关联交易进行严格的监管和审计，确保交易行为的公允性和透明度。