建设工程施工合同无效时，清算条款的效力需根据具体情况分析，部分条款在特定条件下仍有效。以下是对此问题的详细分析：

一、结算条款的效力

1. 计价方式条款：合同约定的固定总价、固定单价或可调价格等方式计算工程价款的条款，在工程质量合格的情况下，仍可参照执行。这符合工程价款结算的实际需要，因为建设工程的劳务成果无法“返还原物、恢复原状”，必须对已完成的工程量进行结算。
2. 工程价款支付时间和支付方式条款：这些条款明确了发包人支付工程折价补偿款的具体要求和流程，在工程质量合格的情况下，对双方结算具有参考意义。

二、清理条款的效力

1. 涉及工程价款支付、结算的清理条款：在工程质量合格的情况下，可以参照合同约定进行处理。
2. 涉及违约金、赔偿金等其他事项的清理条款：这些条款并非合同的主要义务，而是基于合同有效的基础上产生的第二性义务。因此，在建设工程施工合同无效的情况下，这些条款通常应认定为无效。

三、独立结算协议与清理协议的效力

如果当事人就建设工程施工合同的结算和清理事宜另行签订了独立的结算协议或清理协议，那么这些协议的效力将不受主合同（即建设工程施工合同）无效的影响。只要这些协议系当事人真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就应认定为有效。

四、争议解决条款的效力

根据《民法典》第五百零七条，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。因此，合同中约定的通过仲裁或诉讼方式解决争议的条款独立于施工合同的效力。当施工合同无效引发纠纷时，该条款仍然有效，双方应按照约定的争议解决途径进行处理。