施工单位不配合工程验收结算时，建设单位可采取以下措施来应对：
一、明确法律依据与合同条款
- 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第十六条，建设单位在收到竣工报告后，应组织相关单位进行验收，且验收合格后方可交付使用。这明确了验收的法定程序和条件。
- 合同条款：建设单位应详细查阅与施工单位签订的《建设工程施工合同》，特别是关于验收、结算、违约责任等条款，明确双方的权利和义务。
二、协商沟通与书面催告
- 友好协商：建设单位应主动与施工单位沟通，了解其不配合的具体原因，尝试通过友好协商解决问题。可以组织双方参加的会议，形成会议纪要，记录协商过程和共识。
- 书面催告：若协商无果，建设单位应向施工单位发送正式的书面催告函，明确指出其不配合验收结算的违约性质，并要求其在限定期限内履行义务。催告函应通过可靠方式送达，并保留好送达凭证。
三、采取法律手段
- 委托律师发函：若施工单位仍不配合，建设单位可以委托律师向其发送律师函，进一步阐述法律后果，督促其尽快履行义务。
- 提起诉讼或仲裁：根据合同中的争议解决条款，建设单位可以向有管辖权的人民法院提起诉讼或向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，可以申请对工程造价进行司法鉴定，以确定最终结算金额。
四、证据收集与保存
- 在整个处理过程中，建设单位应特别注意收集和保存与工程建设、验收结算相关的各类证据材料，如合同文件、往来函件、验收报告、催告函及送达凭证等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
