三方协议毁约时间晚，需按以下步骤处理：

一、明确违约责任与合同条款

1. 审查协议内容：首先，需仔细阅读三方协议，特别是关于违约责任、解除条款及争议解决机制的部分。明确毁约可能带来的法律后果，包括是否需要支付违约金及其计算方式。
2. 区分违约类型：根据《民法典》第五百七十七条，违约方需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。若协议中有明确规定，则按约定执行；若无规定，则依据法律规定处理。

二、积极协商解除协议

1. 与签约单位沟通：诚恳说明毁约原因，争取对方的理解与支持。探讨是否可以不承担或减少违约责任，并尝试达成书面解除协议的共识。
2. 与学校协调：及时告知学校就业指导部门，寻求其帮助与建议。学校可能协助与签约单位沟通，促进问题的解决。
3. 获取书面同意：若协商达成一致，务必要求签约单位和学校出具书面同意解除协议的文件，作为后续避免纠纷的依据。

三、依法承担违约责任与后续处理

1. 支付违约金：若协议规定需支付违约金，且无法协商免除，则应按约定支付，并保留好支付凭证。
2. 履行其他义务：除支付违约金外，还需按协议要求履行其他可能的违约责任，如退还相关资料、物品等。
3. 完成解约程序：根据协商结果和协议要求，办理正式的解约手续，如提交解约申请、填写相关表格、交回协议原件等。
4. 更新就业信息：若需寻找新的就业机会，及时告知学校就业指导部门，以便更新相关信息。