建设工程结算后，建设工程合同纠纷属于专属管辖，应由不动产所在地人民法院管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、专属管辖的法律依据

1. 《民事诉讼法》第三十四条（现行第三十五条）：规定因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。
2. 《民诉法解释》第二十八条：明确指出，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
   二、专属管辖的具体应用
3. 不动产所在地的确定：根据《民诉法解释》第二十八条第三款，不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。在建设工程合同纠纷中，不动产即为建设工程本身，因此其所在地即为管辖法院所在地。
4. 管辖的排他性：专属管辖具有排他性，即一旦案件被认定为专属管辖范畴，则排除其他一般地域管辖和特殊地域管辖的适用。这意味着，在建设工程合同纠纷中，当事人不能通过协议选择其他法院管辖，除非该协议违反级别管辖和专属管辖的规定（但此处的“违反”实际上是指试图排除专属管辖，而专属管辖本身不允许被排除）。不过，更准确的理解是，当事人可以在不违反级别管辖的前提下，就专属管辖法院内的具体法院进行选择（如选择不动产所在地的不同基层法院或中级法院，但这通常受级别管辖限制），但本质上仍受专属管辖约束。