工程合同价款罚款的计算主要依据合同约定及法律法规规定，具体分为以下情况：
一、行政处罚情形
根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，建设单位存在以下行为将被处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款：
- 未组织竣工验收，擅自交付使用的；
- 验收不合格，擅自交付使用的；
- 对不合格的建设工程按照合格工程验收的。
罚款幅度划分标准：
- 轻微违法（涉案工程面积20000㎡以下）：2%-2.5%
- 一般违法（20000㎡-50000㎡）：2.5%-3.5%
- 严重违法（超50000㎡或造成严重后果）：3.5%-4%
二、民事违约情形
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可约定违约金计算方式：
- 约定违约金：合同明确约定逾期竣工违约金比例或固定金额的，按约定执行。例如每逾期一天按合同总价0.1%支付违约金。
- 无约定时：按实际损失赔偿，包括直接损失和可证明的间接损失。
- 违约金调整：
- 过高调整：超过损失30%的，法院/仲裁机构可适当减少
- 过低调整：低于实际损失的，可请求增加
三、执行程序要点
- 行政处罚由建设行政主管部门依法作出
- 民事赔偿可通过协商、工程款扣减、诉讼/仲裁解决
- 保留工期延误证据（如监理日志、气象证明等）
