运输合同中约定承担修车费，在符合法律规定和合同约定的情形下是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、合同约定的法律效力

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权依法订立合同，并受合同内容的约束。这意味着，只要运输合同中的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该约定即具有法律效力。
2. 修车费约定的有效性：在运输合同中，双方可以约定由哪一方承担修车费。这种约定属于合同自由原则的范畴，只要双方达成一致，且该约定不损害国家、集体或第三人的利益，不违反公序良俗，即应认定为有效。

二、修车费约定的具体情形

1. 明确约定：如果运输合同中明确约定了修车费的承担方，如由托运人、承运人或第三方承担，那么应按照合同约定执行。这种明确约定有助于减少纠纷，保障双方权益。
2. 未明确约定或约定不明：如果运输合同中对修车费的承担没有明确约定或约定不明，那么需要根据实际情况、交易习惯及相关法律法规来判断。例如，如果修车是由于承运人的过错导致的，那么承运人应承担修车费；如果修车是由于不可抗力或托运人的过错导致的，那么可能需要根据具体情况来确定修车费的承担方。

三、注意事项

1. 合法合规：运输合同中的修车费约定必须合法合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。否则，该约定可能被认定为无效。
2. 公平合理：修车费的约定应公平合理，不得显失公平或损害一方当事人的合法权益。否则，受损方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该约定。