约定税金由无资质实际施工人承担是否有效，需综合考量税法规定、合同约定及实际履行情况。具体分析如下：
一、税法层面：纳税义务法定，不因合同无效而免除

1. 纳税义务是法定的，与合同效力无关。即使建设工程施工合同无效，提供建筑服务的纳税人仍负有缴纳增值税、城市维护建设税、教育费附加等税费的义务。
2. 施工企业取得工程价款收入时，需按规定计算并缴纳相关税费；发包方则需取得符合规定的发票，方能在企业所得税前进行扣除。
   二、合同约定层面：有约定从约定，但不得违反法律强制性规定
3. 有明确约定且合法：若合同中对税金的承担有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，即便合同被认定无效，法院在处理工程款结算等问题时，通常会参照合同约定来确定税金的承担主体。例如，合同约定工程价款为含税价，由发包方承担税金，则合同无效后，结算工程款时仍可参照此约定。
4. 无约定或约定不明：若合同中对税金承担无约定或约定不明确，双方可能产生争议。此时，一般会根据公平原则和实际情况来确定。通常认为，税金作为工程造价的组成部分，应计入工程价款中。若施工方已实际缴纳相关税金，则在结算工程款时，应将税金计入并由发包方支付给施工方。
   三、实际履行层面：根据实际缴纳情况确定承担主体
5. 若施工方已按规定实际缴纳了与工程相关的税金，在合同无效进行工程价款结算时，施工方有权要求将已缴纳的税金计入工程价款中，由发包方承担。
6. 若双方在合同履行过程中均未处理税金缴纳事宜，税务机关可能会依法向纳税义务人追缴税款，并可能处以罚款等处罚。此时，纳税义务人在承担了税务责任后，可根据双方的过错等情况向对方追偿。