未经过股东会决议的投资，其处理方式需根据具体情况及法律规定来综合判断，通常该投资行为可能因缺乏合法程序而面临效力瑕疵。
一、投资行为效力分析

1. 违反法定程序：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司重大事项，如投资、增资等，通常需经过股东会决议，并达到法定表决权比例通过。若投资行为未经股东会有效决议，则违反了法定程序，可能因此被认定为无效或可撤销。
2. 侵害股东权益：未经股东会决议的投资行为可能侵害其他股东的合法权益，如股权比例被稀释、表决权受影响等。这种侵害行为也是导致投资行为效力瑕疵的重要原因。
   二、处理措施
3. 内部协商与补救：若投资行为已发生但未经股东会决议，公司应尽快组织股东会进行补救决议，或通过其他方式取得股东的追认，以补正程序瑕疵。
4. 法律救济途径：若内部协商无果，受损股东可依据《公司法》的相关规定，向法院提起诉讼，请求确认投资行为无效或撤销该行为，并要求相关责任方承担赔偿责任。
5. 防范未来风险：为避免类似情况再次发生，公司应完善内部治理结构，明确决策程序，确保所有重大事项均经过合法程序决议。