挂靠公司把工程款转给中介的行为不合法。以下从几个方面进行分析：
一、挂靠行为本身的违法性

1. 根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条，承包建筑工程的单位应持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。挂靠行为正是违反了这一规定，因此其本身即具有违法性。
2. 《建设工程质量管理条例》第二十五条也明确规定，禁止施工单位允许其他单位或者个人以本单位的名义承揽工程。这进一步印证了挂靠行为的违法性。
   二、工程款流转的合法性分析
3. 在挂靠关系中，工程款本应由发包方直接支付给被挂靠公司，再由被挂靠公司根据与挂靠方的约定进行分配。若挂靠公司擅自将工程款转给中介，则可能构成对工程款的非法处置，损害了发包方和挂靠方的合法权益。
4. 此外，这种流转方式还可能涉及逃税、洗钱等违法行为，进一步加剧了其非法性。
   三、法律后果与风险
5. 挂靠公司可能面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、降低资质等级或吊销资质证书等。
6. 若挂靠行为导致工程质量问题或安全事故，挂靠公司及相关责任人还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。