调解协议书和民事调解书的区别主要体现在以下几个方面：
一、制作主体与生效条件不同

1. 调解协议书：一般由调解机构依法制作，如村民委员会、乡镇人民政府或调解组织等。双方当事人签名、盖章或者按指印，并经调解人员签名并加盖调解组织印章后生效。
2. 民事调解书：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百条，调解达成协议，人民法院应当制作调解书。调解书由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章，送达双方当事人。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。
   二、法律约束力不同
3. 调解协议书：具有民事合同性质，产生的是合同效力。一方当事人反悔时，另一方只能依法申请仲裁或者向人民法院起诉，不能申请法院强制执行。
4. 民事调解书：具有法律强制执行力。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对方当事人不履行生效调解书相关义务的，当事人可以直接根据调解书向法院申请强制执行。
   三、适用场景与程序不同
5. 调解协议书：多用于民间纠纷、劳动争议等场合的调解，程序相对灵活，不一定需要法院介入。
6. 民事调解书：是人民法院在审理民事案件过程中，通过调解方式结案时出具的正式法律文书。其制作和生效都严格遵循诉讼程序，是法院对双方当事人自愿达成的协议的确认。
   综上所述，调解协议书和民事调解书在制作主体、生效条件、法律约束力以及适用场景与程序等方面均存在显著差异。因此，在实际应用中，应根据具体情况选择合适的调解方式，并明确其法律效力及执行方式。