对执行中的商铺租赁合同有异议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼解决。具体如下：
一、协商解决

1. 适用情况：适用于双方争议不大、矛盾不尖锐，且都有意愿通过友好沟通解决问题的情形。例如，因市场环境变化导致商铺经营困难，承租人提出调整租金支付方式，出租人愿意协商的情况。
2. 操作流程：双方应主动沟通，清晰表达诉求和理由，认真倾听对方意见，共同探讨解决方案，寻找利益平衡点。达成一致后，签订书面和解协议，明确双方权利义务，避免后续纠纷。
   二、调解解决
3. 适用情况：协商不成时，可寻求第三方调解机构帮助，如人民调解委员会、行业调解组织或行政调解部门。
4. 调解流程：向选定调解机构提交申请，说明纠纷情况和诉求。调解机构受理后，组织双方调解，调解员根据法律法规和公平原则引导达成调解协议。
   三、仲裁解决
5. 适用情况：合同中约定了仲裁条款或事后达成仲裁协议，可通过仲裁解决。仲裁适用于专业性较强、争议金额较大的合同纠纷。
6. 仲裁流程：向约定仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会受理后，组成仲裁庭开庭审理，作出裁决。仲裁裁决具有终局性，对双方均有法律约束力。
   四、诉讼解决
7. 适用情况：其他途径无法解决纠纷时，可向人民法院提起诉讼。诉讼具有权威性和强制性。
8. 诉讼流程：准备起诉材料，包括起诉状、证据材料等，向有管辖权的人民法院立案。法院受理后安排开庭审理，作出判决。判决生效后，如一方不履行义务，另一方可申请强制执行。