三方同意该款项由甲方代乙方直接支付给丙方，这一行为本身并不直接构成保证担保。以下是对此问题的详细分析：
一、保证担保的定义与构成

• 根据《中华人民共和国民法典》第六百八十八条，保证担保是指保证人和债权人约定，当债务人不履行债务时，保证人按照约定履行债务或者承担责任的行为。构成保证担保需满足双方存在明确的保证合意这一核心要件。
  二、代付行为的法律性质

1. 代付行为本身：三方约定甲方代乙方支付款项给丙方，仅表明甲方同意履行乙方的支付义务，未体现甲方对乙方债务承担保证责任的明确意思表示。
2. 与保证担保的区别：保证担保需以书面形式明确保证范围、方式等核心条款，而代付行为通常仅涉及支付义务的转移，缺乏保证担保的典型特征。
   三、构成保证担保的例外情形
   若三方协议中除代付条款外，另约定甲方对乙方债务承担连带清偿责任、保证期间等保证合同必备条款，则可能被认定为构成保证担保。但此类情形需以书面协议明确约定为前提，仅代付行为本身不足以认定。