甲方未付工程款时，乙方能否停止维修需视具体情况及合同约定而定，在符合法律及合同条款前提下，乙方有权采取措施保护自身权益。具体分析如下：
一、合同约定

1. 若合同中明确规定了甲方未按时付款时乙方有权停止后期工程维修，则乙方可依据此约定停止维修，此为合法行使权利。
   二、法定权利
2. 同时履行抗辩权：依据《中华人民共和国民法典》第五百二十五条，若合同中付款义务与维修义务无明确先后履行顺序，甲方未履行付款义务时，乙方有权基于同时履行抗辩权停止后期工程维修。
3. 先履行抗辩权：根据《中华人民共和国民法典》第五百二十六条，若合同约定甲方应先付款，乙方再维修，则在甲方未付款的情况下，乙方有权行使先履行抗辩权，暂停维修工作。
   三、需考虑的限制和风险
4. 法定义务的限制：对于涉及公共安全、人身健康等法定的工程质量保修义务，如地基基础工程和主体结构工程的保修责任，乙方不能因甲方未付款而擅自停止履行。
5. 违约责任风险：若乙方未经合法程序擅自停止后期工程维修，可能构成违约。甲方有权追究乙方的违约责任，包括要求赔偿损失等。因此，乙方在采取行动前应仔细研究合同条款，并确保行为的合法性。