工程阶段款的诉讼时效起算时间，需根据合同约定及债务性质综合判定，一般分为各自计算和以最后一期作为起算时间两种情况。具体分析如下：
一、各自计算诉讼时效的情形

• 法律依据：根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受损及义务人之日起计算。
• 适用条件：当工程阶段款中，各期款项的支付期限明确且相互独立时，债权人于每期债务履行期限届满即知或应知其债权受侵害，故每期工程款的诉讼时效应分别从各期履行期限届满之日起算。
  二、以最后一期作为诉讼时效起算时间的情形
• 法律依据：依据《民法典》第一百八十九条，当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
• 判断标准：若工程阶段款虽分期支付，但基于同一施工行为产生，是对整个工程价款的分期结算和支付，具有整体性和关联性，则可认定为同一债务分期履行，诉讼时效从最后一期工程款履行期限届满之日起算。
  三、实务建议
• 密切关注时间节点：债权人应密切关注合同约定的付款期限和对方的支付情况，一旦发现拖欠或违约行为，应及时采取措施保护自己的合法权益。
• 保存证据：务必妥善保存合同、付款凭证、催款记录等关键证据，以证明工程款的存在及拖欠情况，以及诉讼时效的中断和重新计算。