被告人上缴的虚开增值税发票税款，其处理方式主要依据《中华人民共和国刑法》的相关规定。
一、虚开增值税专用发票的刑事责任

1. 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将面临刑事处罚。具体处罚根据虚开的税款数额及情节严重程度而定，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
2. 若虚开的税款数额较大或者有其他严重情节，处罚将更为严厉，可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
3. 若虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节，处罚将更为严重，可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
   二、上缴税款的处理
4. 在刑事诉讼过程中，被告人上缴的虚开增值税发票税款，将作为其犯罪行为的后果之一进行处理。这些税款通常会被依法追缴，并上缴国库。
5. 被告人上缴税款的行为，可能被视为其认罪、悔罪的表现，从而在量刑时得到一定的从轻或减轻处罚。但具体是否从轻或减轻处罚，还需根据案件的具体情况和法院的判决来确定。
   三、单位犯罪的处理
6. 若单位犯虚开增值税专用发票罪，将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定进行处罚。
7. 在这种情况下，单位上缴的虚开增值税发票税款，同样会被依法追缴，并上缴国库。同时，单位的相关责任人员也将面临刑事处罚。